TỐI ƯU HÓA QUY TRÌNH GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG PROMOTOR GEN MMP-9 (rs3918242) TRÊN MẪU MÔ VÙI NẾN CỦA BỆNH NHÂN CARCINÔM DẠ DÀY LOẠI TẾ BÀO KÉM KẾT DÍNH

Tóm tắt

Mục tiêu: Carcinôm dạ dày loại tế bào kém kết dính có tiên lượng xấu và liên quan đến biểu hiện của matrix metalloproteinase 9 (MMP-9), trong đó đa hình đơn nucleotide (single nucleotide polymorphism, SNP) rs3918242 trên vùng promoter của gen MMP-9 đã được ghi nhận liên quan đến nguy cơ tiến triên bệnh. Tuy nhiên, việc phân tích SNP này trên mẫu mô vùi nến (formalin-fixed paraffin-embedded block, FFPE) còn gặp nhiều khó khăn do chất lượng DNA bị ảnh hưởng bởi quá trình cố định và lưu trữ. Nghiên cứu này nhằm tối ưu hóa quy trình giải trình tự Sanger vùng promoter của gen MMP-9 trên mẫu FFPE của bệnh nhân carcinôm dạ dày loại tế bào kém kết dính bằng kỹ thuật touchdown PCR (TD-PCR). Đối tượng và phương pháp: Nghiên cứu thực nghiệm mô tả so sánh hiệu quả giữa kỹ thuật PCR và TD-PCR trên 21 mẫu FFPE được chẩn đoán carcinôm dạ dày loại tế bào kém kết dính tại Khoa Giải phẫu bệnh - Bệnh viện Đại học Y Dược TP.HCM từ 01/2022 đến 06/2023. Vùng promoter của gen MMP-9 rs3918242 của tất cả các mẫu được khuếch đại bằng 2 phương pháp: PCR và TD-PCR; các mẫu khuếch đại thành công được giải trình tự bằng phương pháp Sanger. Kết quả: Nghiên cứu gồm 21 mẫu mô FFPE của bệnh nhân được chẩn đoán carcinôm dạ dày loại tế bào kém kết dính, với đa số bệnh nhân ≥50 tuổi (76%), tỷ lệ nam và nữ tương đương (52% và 48%), khối u thường khu trú ở hang vị (38%), bờ cong nhỏ và thân vị (33% và 24%). Các mẫu FFPE được thu nhận chủ yếu từ các tổn thương có đại thể dạng loét (67%) và u ở giai đoạn xâm nhập sâu (pT4 chiếm 52%). Kỹ thuật TD-PCR có hiệu quả khuếch đại tốt hơn so với PCR thông thường. Ở tất cả các mức nhiệt độ bắt cặp khảo sát (56°C, 58°C, 60°C và 62°C), TD-PCR khuếch đại thành công 100% số mẫu (21/21), trong khi PCR chỉ đạt từ 4/21 đến 12/21 mẫu (19,05-57,14%). Giải trình tự Sanger các sản phẩm từ TD-PCR cho tín hiệu sóng rõ, và kết quả kiểu gen tương đương khi thực hiện khuếch đại bằng PCR thông thường. Kết luận: TD-PCR là kỹ thuật hiệu quả để khuếch đại trình tự promoter trên vùng gen MMP-9 rs3918242 từ mẫu mô FFPE ở bệnh nhân carcinôm dạ dày loại tế bào kém kết dính