BƯỚC ĐẦU THIẾT LẬP VÀ ĐÁNH GIÁ QUY TRÌNH GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI GEN VWF TẠI VIỆN HUYẾT HỌC - TRUYỀN MÁU TRUNG ƯƠNG
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Đặt vấn đề: Phân tích gen VWF hỗ trợ xác định nguyên nhân phân tử và tư vấn di truyền trong bệnh von Willebrand. Tuy nhiên, vùng exon 23–34 tương đồng cao với giả gen VWFP1, làm tăng nguy cơ căn chỉnh sai và gọi biến thể không chính xác.
Mục tiêu: Đánh giá chất lượng, hiệu năng kỹ thuật và mức độ phù hợp của quy trình NGS gen VWF trong phát hiện SNV và Indel nhỏ.
Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu thực nghiệm trên 34 mẫu DNA người bệnh VWD bẩm sinh. Toàn bộ 52 exon và vùng tiếp giáp exon–intron của VWF được làm giàu bằng panel xGen, giải trình tự MiSeq v3 cấu hình đọc 2 đầu 2 × 150 bp và phân tích bằng VarSome Clinical. Kết quả biến thể được đối chiếu với một quy trình NGS độc lập.
Kết quả: Trung bình mỗi mẫu thu được 137.848 đoạn đọc; tỷ lệ on-target 63,54%, ánh xạ duy nhất 92,62%, trùng lặp 1,51% và độ sâu trung bình 195,5X. Tỷ lệ nucleotide vùng đích đạt ≥30X là 99,17%. Tại exon 23–34, MAPQ trung bình đạt 51,23 ± 0,71; có 225/2.875 bp (7,83%) có MAPQ dưới 30, tập trung ở exon 24, 26 và 34. Cả 42 biến thể đối chiếu đều phù hợp giữa hai cơ sở.
Kết luận: Quy trình đạt độ sâu, độ bao phủ và mức độ phù hợp cao trong phát hiện SNV, Indel nhỏ. Exon 26 và các đoạn MAPQ thấp tại exon 24, 34 cần xác nhận bổ sung.
Từ khóa
Bệnh von Willebrand, VWF, NGS, lai bắt giữ
Chi tiết bài viết
Tài liệu tham khảo
2. Marshall CR, Chowdhury S, Taft RJ, et al. Best practices for the analytical validation of clinical whole-genome sequencing intended for the diagnosis of germline disease. NPJ Genom Med. 2020; 5:47.
3. James PD, Connell NT, Ameer B, et al. ASH ISTH NHF WFH 2021 guidelines on the diagnosis of von Willebrand disease. Blood Advances. 2021;5(1):280–300.
4. Seidizadeh O, Baronciani L, Lillicrap D, Peyvandi F. Application of genetic testing for the diagnosis of von Willebrand disease. Journal of Thrombosis and Haemostasis. 2024;22(8):2115–2128.
5. Seidizadeh O, Zieger B, Baronciani L, et al. Population-based prevalence and mutational landscape of von Willebrand disease using large-scale genetic databases. npj Genomic Medicine. 2023; 8:31.
6. Seidizadeh O, Baronciani L, Peyvandi F. Challenges and considerations of genetic testing in von Willebrand disease. Research and Practice in Thrombosis and Haemostasis. 2025;9(1):102686.
7. Rehm HL, Bale SJ, Bayrak-Toydemir P, et al. ACMG clinical laboratory standards for next-generation sequencing. Genetics in Medicine. 2013;15(9):733–747.
8. Ye S, et al. Genetic analysis using long-read sequencing to overcome the difficulties in VWF gene. Research and Practice in Thrombosis and Haemostasis. 2025; 9:102888.