TÓM TẮT34 XÂY DỰNG QUY TRÌNH K-4CARE KHẢO SÁT TOÀN DIỆN CÁC CHỈ DẤU PHÂN TỬ BỘ GEN CỦA KHỐI U

Nguyễn Hoàng Thiên Phúc1,2, Nguyễn Tiến Anh1,2, Trần Huỳnh Bảo Nam1,2, Nguyễn Hoàng Vân Anh1,2, Nguyễn Anh Tuấn1,2, Nguyễn Thị Cẩm Tú1,2, Đỗ Thị Thanh Thủy1, Nguyễn Hoài Nghĩa1,2, Giang Hoa1,2, Nguyễn Duy Sinh1,2, Từ Ngọc Ly Lan1,2,
1 Viện Di truyền Y học, Tp. Hồ Chí Minh, Việt Nam
2 Công ty Cổ phần Giải pháp gene, thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam

Nội dung chính của bài viết

Tóm tắt

Giới thiệu: Những năm gần đây, các xét nghiệm


khảo sát gen toàn diện dần được chấp nhận sử dụng trong lâm sàng nhằm tăng cường cá thể hóa trong lĩnh vực ung thư. Một xét nghiệm duy nhất cung cấp đầy đủ thông tin về những biến đổi của bộ gen trong khối u sẽ giúp các bác sĩ có thể chẩn đoán, tiên lượng bệnh và lựa chọn phác đồ điều trị phù hợp. Trong nghiên cứu này, chúng tôi thực hiện đánh giá K-4CARE, một xét nghiệm di truyền toàn diện cho các chỉ dấu phân tử bộ gen của khối u. Phương pháp: Xét nghiệm này gồm 473 gen đặc trưng cho ung thư với tổng kích thước vùng khảo sát là 1.7 Mb. Xét nghiệm được đánh giá trên các nhóm mẫu chuẩn với nhiều chỉ số gồm: giới hạn phát hiện (LOD), độ tương đồng, độ nhạy, độ đặc hiệu và độ chính xác. Những biến đổi di truyền được khảo sát gồm: biến thể đơn nucleotide (SNVs), thêm hay mất đoạn ngắn (Indels), sự thay đổi số lượng bản sao (CNAs), và các dung hợp gen. Trong khi đó, việc xác định sự bất ổn định của các vùng vi vệ tinh (MSI) và tải lượng đột biến khối u (TMB) được đánh giá đồng thời trên cả mẫu chuẩn và 83 mẫu lâm sàng từ 10 loại ung thư khác nhau. Kết quả: Tại ngưỡng LOD là 5% cho cả SNVs và Indels, xét nghiệm cho độ nhạy và độ đặc hiệu lần lượt là 99,96% và 100%. Các biến đổi do dung hợp gen hay tăng số lượng bản sao đều cho độ đặc hiệu là 100%, với độ nhạy tương ứng là 94% và 100%. Các biến thể dòng mầm, bao gồm cả SNVs và Indels, đều cho độ nhạy và độ đặc hiệu là 100%. Giá trị TMB trên mẫu chuẩn cho độ tương đồng là 100%, và đạt độ tương quan là 97% khi so sánh giữa K-4CARE với phương pháp giải toàn bộ exon trên nhóm mẫu lâm sàng. MSI xác định từ xét


độ đặc hiệu 100%. Kết luận: Xét nghiệm K-4CARE có thể cung cấp một cách toàn diện và đáng tin cậy các dấu ấn phân tử được sử dụng cho điều trị đích và điều trị miễn dịch ở bệnh nhân ung thư.

Chi tiết bài viết

Tài liệu tham khảo

1. Baselga, J., et al., AACR Cancer Progress Report 2015. Clinical Cancer Research, 2015. 21(19_Supplement): p. S1-S128.
2. Zhong, L., et al., Small molecules in targeted cancer therapy: advances, challenges, and future perspectives. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2021. 6(1): p. 201.
3. Yi, H., et al., Immune Checkpoint Inhibition for Triple-Negative Breast Cancer: Current Landscape and Future Perspectives. Frontiers in Oncology, 2021. 11.

4. Braun, D.A., K.P. Burke, and E.M. Van Allen, Genomic Approaches to Understanding Response and Resistance to Immunotherapy. Clin Cancer Res, 2016. 22(23): p. 5642-5650.
5. Jardim, D.L., et al., The Challenges of Tumor Mutational Burden as an Immunotherapy Biomarker. Cancer Cell, 2021. 39(2): p. 154-173.
6. Iwai, Y., et al., Cancer immunotherapies targeting the PD-1 signaling pathway. Journal of Biomedical Science, 2017. 24(1): p. 26.
7. Garon, E.B., et al., Pembrolizumab for the Treatment of Non–Small-Cell Lung Cancer. New England Journal of Medicine, 2015. 372(21): p. 2018-2028.
8. Bevins N, et al. Comparison of commonly used solid tumor targeted gene sequencing panels for estimating tumor mutation burden shows analytical and prognostic concordance within the cancer genome atlas cohort. J Immunother Cancer, 2020. 8(1): e000613.
9. Ng CC., et al., A comprehensive next generation sequencing tissue assay for Asian-prevalent cancers-Analytical validation and performance evaluation with clinical samples. Front Mol Biosci, 2022. 9: p. 963243.