XÂY DỰNG QUY TRÌNH KỸ THUẬT REAL-TIME PCR XÁC ĐỊNH BIẾN THỂ RS1801275 TRÊN GEN IL4-RΑ LIÊN QUAN BỆNH VIÊM DA CƠ ĐỊA

Tóm tắt

Mục tiêu: Xây dựng quy trình real-time PCR SYBR chẩn đoán biến thể rs1801275 trên gen IL4-Rα. Phương pháp nghiên cứu: Thiết kế các đoạn mồi đặc hiệu alen phát hiện biến thể rs1801275 trên gen IL4-Rα bằng công cụ primer-BLAST (NCBI, Hoa Kỳ). Đánh giá độ đặc hiệu, tối ưu hóa nồng độ và nhiệt độ bắt cặp của đoạn mồi đã thiết kế. Thẩm định khả năng xác định kiểu gen của biến thể IL4-Rα rs1801275 thông qua phản ứng real-time PCR với bộ DNA plasmid chứng giả lập các kiểu gen biến thể quan tâm bằng bộ sinh phẩm SensiFAST SYBR (Bioline). Áp dụng quy trình lên 113 mẫu đã được khẳng định kết quả kiểu gen biến thể bằng giải trình tự Sanger để đánh giá độ nhạy, độ đặc hiệu và độ xác thực của kỹ thuật. Kết quả: Xây dựng thành công quy trình kỹ thuật real-time PCR SYBR chẩn đoán biến thể IL4-Rα rs1801275. Các đoạn mồi đặc hiệu alen đạt độ đặc hiệu khi kiểm tra bằng điện di mao quản. Nồng độ tối ưu của các đoạn mồi là 250 nM, với CV% giá trị Ct giữa các lần lặp phản ứng đều nhỏ hơn 10% và giá trị Ct trung bình trong khoảng 28 ± 2. Xác định được giá trị |ΔCt| bằng 3  là điểm phân biệt các kiểu gen của biến thể (CV% nhỏ hơn 10%). Độ nhạy, độ đặc hiệu, độ xác thực của kỹ thuật lần lượt là 100%, 98,9% và 99,1%. Kết luận: Đã xây dựng thành công quy trình kỹ thuật real-time PCR SYBR để xác định biến thể rs1801275 trên gen IL4-Rα.