Thanh bên bài viết
Số lượt xem PDF: 278
KHẢO SÁT SỰ PHÂN BỐ CÁC DÒNG VI KHUẨN LAO (MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS) Ở TỈNH ĐỒNG THÁP BẰNG CÔNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Đặt vấn đề: Bệnh lao hiện nay vẫn còn là một vấn đề sức khỏe cộng đồng đáng quan tâm. Vùng Đồng bằng sông Cữu Long, tần suất mắc bệnh lao mới và lao kháng thuốc của một số tỉnh vẫn chưa giảm nhiều, tạo nên gánh nặng bệnh tật, ảnh hưởng nghiêm trọng đến kinh tế, xã hội của vùng. Nhằm hỗ trợ cho chiến lược giảm thiểu bệnh lao một cách bền vững, các nghiên cứu dịch tễ học phân tử vi khuẩn lao cần được thực hiện. Mục tiêu nghiên cứu: Xác định tỉ lệ và đặc điểm phân bố của các dòng vi khuẩn lao mới lưu hành tại Đồng Tháp. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Thu thập mẫu các chủng vi khuẩn lao từ mẫu đàm sau nuôi cấy dương tính ở bệnh nhân được chẩn đoán xác định mắc bệnh lao các thể, tại các tổ chống lao thuộc huyện, thị xã, thành phố và bệnh viện lao tỉnh Đồng Tháp. Các chủng vi khuẩn lao được ly trích DNA và thực hiện kỹ thuật giải trình tự bộ gen vi khuẩn lao bằng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới (NGS: New generation sequencing). Phân tích dữ liệu gen có được bằng các phần mềm tin sinh học. Kết quả: Trong 195 mẫu chủng vi khuẩn lao phân tích được, Tỉ lệ dòng Bejing chiếm 46,1%, dòng EAI chiếm 47,2% và dòng T/H chiếm 6,7%. Các dưới dòng vi khuẩn lao được phát hiện, dòng Bejing có dưới dòng Bejing-RD181 chiếm cao nhất (67,8%), dòng EAI có dưới dòng EAI4-VNM chiếm cao nhất (76%) và dòng T/H có dưới dòng T/H chiếm 38,5% và dưới dòng T1/T2/T3/T5 chiếm 30,8%. Các dưới dòng khác chiếm tỷ lệ thấp. Dòng Bejing phổ biến ở nhóm bệnh nhân lao kháng thuốc (85,2%), nhóm bệnh nhân lao cộng đồng (55,2%) và lao tái phát (72,7%), lại thuộc dòng EAI là chủ yếu. Nhóm bệnh nhân mắc lao nặng tại bệnh viện, chủng vi khuẩn lao phân bố đều ở cả 3 dòng: Bejing (46,3%), EAI (41,5%) và T/H (12,2%). Kết luận: Các chủng vi khuẩn lao mới của tỉnh Đồng Tháp thuộc dòng Bejing và EAI chiếm ưu thế.
Chi tiết bài viết
Từ khóa
vi khuẩn lao, Đồng Tháp, giải trình tự thế hệ mới, NGS
Tài liệu tham khảo
2. Brosch R., Gordon S.V., Marmiesse M., et al. (2002), "A new evolutionary scenario for the Mycobacterium tuberculosis complex." Proc Nalt Acad Sci USA 99: 3684-9.
3. Nguyễn Thị Vân Anh (2014), “Dịch tễ học phân tử bệnh lao - ứng dụng và thành tựu”. Tạp chí Y học dự phòng, tập XXIV, số 6 (155).
4. Đỗ Tấn Khang, Trần Thị Thanh Khương , Nguyễn Phạm Anh Thi và Trần Thị Mỹ Duyên (2019), “Tiềm năng mở rộng ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới ở đồng bằng sông Cửu Long”. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 55, Số chuyên đề: Công nghệ Sinh học (2019)(1): 1-13.
5. Coll, F., McNerney, R., Guerra-Assunção, J. A., Glynn, J. R., Perdigão, J., Viveiros, M., Portugal, I., Pain, A., Martin, N., & Clark, T. G. (2014), “A robust SNP barcode for typing Mycobacterium tuberculosis complex strains. Nature communications, 5, 4812.
6. Phelan, J. E., O'Sullivan, D. M., Machado, D., Ramos, J., Oppong, Y. E. A., Campino, S., O'Grady, J., McNerney, R., Hibberd, M. L., Viveiros, M., Huggett, J. F., & Clark, T. G. (2019), “Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs”. Genome medicine, 11(1), 41.
7. Nguyễn Thị Vân Anh (2009), “Dịch tễ học phân tử bệnh lao Tại Việt Nam (2003- 2009)" Luận án tóm tắt, Viện vệ sinh dịch tễ Hà Nội.
8. Nguyễn Văn Hưng và cs. (2011), “Sự phân bố của Mycobacterium tuberculosis kiểu gen Beijing và mối liên quan đến tính kháng thuốc lao tại Việt Nam”. Journal Franco-Vietnamien de pneumologie 2011; 02(02) 1 - 86.