BƯỚC ĐẦU KHẢO SÁT TÍNH CHUYÊN BIỆT CỦA QUY TRÌNH REAL-TIME PCR PHÁT HIỆN HELICOBACTER PYLORI ĐƯỢC PHÂN LẬP TỪ MẪU SINH THIẾT DẠ DÀY

Tóm tắt

Mục tiêu: Xây dựng và đánh giá chỉ số kỹ thuật của quy trình real-time PCR phát hiện vi khuẩn Helicobacter pylori được phân lập từ mẫu bệnh phẩm dựa trên trình tự gen 23S rRNA với cặp mồi CRF-4 và CRR-1⁽⁶⁾. Phương pháp: Độ đặc hiệu của quy trình real-time PCR phát hiện vi khuẩn H. pylori với cặp mồi đã xây dựng được đánh giá với: (1) 25 chủng vi khuẩn khác với H. pylori, vi nấm thường được phát hiện trong các mẫu bệnh phẩm trên đường nội soi lấy mẫu sinh thiết dạ dày; và (2) 150 chủng phân lập được từ mẫu hang vị dạ dày bệnh nhân nhi, trong đó có những chủng được xác định là H. pylori và một số chủng nghi ngờ. Độ chuyên biệt đoạn gen mục tiêu trên 23S rRNA của H. pylori cũng được khẳng định thông qua việc giải trình tự sản phẩm khuếch đại kích thước 135 bp trên 9 chủng có đặc điểm khác biệt về hình thái nhuộm soi, đặc điểm khuẩn lạc, tính chất của các thử nghiệm sinh hóa định danh. Kết quả: Quy trình real-time PCR với cặp mồi CRF-4 và CRR-1 đặc hiệu cho H. pylori được khẳng định là đặc hiệu khi thử nghiệm cho kết quả âm tính với các vi sinh vật không phải H. pylori phân lập từ mẫu sinh thiết trong quá trình nội soi dạ dày; và dương tính với 150 chủng H. pylori được phân lập từ mẫu hang vị dạ dày bệnh nhân nhi bằng phương pháp nuôi cấy. Độ đặc hiệu của các sản phẩm PCR đã được đánh giá dựa theo kết quả so sánh tương đồng trình tự khuếch đại với 10 chủng Helicobacter spp., kết quả so sánh cho thấy trình tự gen mục tiêu được khuếch đại có sự tương đồng 97,78% đến 99,26% so với trình tự tương ứng của H. pylori đã được công bố trên ngân hàng gen GenBank. Kết luận: Quy trình real-time PCR dựa trên gen 23S rRNA với cặp mồi CRF-4 và CRR-1 dùng để phát hiện vi khuẩn H. pylori đã được xây dựng thành công với độ đặc hiệu là 100%.