Thanh bên bài viết

PDF
Ngày xuất bản: 17/06/2022
Số lượt xem tóm tắt: 990
Số lượt xem PDF: 638
DOI: https://doi.org/10.51298/vmj.v513i2.2483
Số xuất bản
Tập 513 Số 2 (2022)
Chuyên mục
Các bài báo
Trích dẫn bài báo
Dương Hoàng Huy, L. ., Minh Hà, N. ., & Ước Nguyện, N. . (2022). QUY TRÌNH GIẢI TRÌNH TỰ SANGER MỘT SỐ BIẾN THỂ ĐA HÌNH ĐƠN NUCLEOTIDE TRÊN CÁC GEN PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 VÀ GCKR LIÊN QUAN ĐẾN BỆNH GAN NHIỄM MỠ KHÔNG DO RƯỢU. Tạp Chí Y học Việt Nam, 513(2). https://doi.org/10.51298/vmj.v513i2.2483

QUY TRÌNH GIẢI TRÌNH TỰ SANGER MỘT SỐ BIẾN THỂ ĐA HÌNH ĐƠN NUCLEOTIDE TRÊN CÁC GEN PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 VÀ GCKR LIÊN QUAN ĐẾN BỆNH GAN NHIỄM MỠ KHÔNG DO RƯỢU

Dương Hoàng Huy Lê 1,2,, Minh Hà Nguyễn 1,2, Ước Nguyện Nguyễn 1,2
1 Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch
2 Trung Tâm Nghiên Cứu Y Sinh, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch

Nội dung chính của bài viết

Tóm tắt

Mục tiêu: Xây dựng quy trình giải trình tự Sanger khảo sát năm biến thể trên các gen PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 và GCKR liên quan đến bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu (NAFLD). Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Tối ưu hóa quy trình ly trích DNA có ly giải hồng cầu bằng dung dịch ACK, thiết kế 5 cặp đoạn mồi đặc hiệu cho các biến thể, tối ưu hóa nhiệt độ bắt cặp của phản ứng PCR và tối ưu hóa phản ứng giải trình tự Sanger trên hệ thống Applied Biosystems 3500 (ThermoFishser). Áp dụng toàn bộ quy trình giải trình tự Sanger đã tối ưu lên 4 mẫu máu của người tình nguyện nhằm đánh giá thông số kỹ thuật và đặc điểm của các biến thể. Kết quả: Xây dựng thành công quy trình giải trình tự Sanger bao gồm: tối ưu hóa được lượng thể tích (4 ml) và thời gian ly giải hồng cầu với ACK (10 phút) để thu được DNA có độ tinh khiết đạt chuẩn, thiết kế được năm cặp đoạn mồi khuếch đại đặt hiệu năm biến thể quan tâm. Khảo sát DNA 4 người tình nguyện khỏe mạnh, tất cả đều có ít nhất một trong năm biến thể quan tâm, với tất cả kết quả giải trình tự có tỉ lệ nucleotide có độ chính xác cao-QVB > 90%. Kết luận: Đã xây dựng và tối ưu quy trình giải trình tự Sanger xác định biến thể đa hình đơn nucleotide. Bước đầu áp dụng quy trình trên người tình nguyện, làm cơ sở cho các khảo sát với cỡ mẫu đại diện giúp tiếp cận và quản lý ở phương diện phân tử NAFLD ở Việt Nam.

Chi tiết bài viết

Từ khóa

Giải trình tự Sanger, bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu, PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 và GCKR

Tài liệu tham khảo

1. Younossi, Z.M., et al., Global epidemiology of nonalcoholic fatty liver disease-Meta-analytic assessment of prevalence, incidence, and outcomes. Hepatology, 2016. 64(1): p. 73-84.
2. European Association for the Study of the, L.,

D. European Association for the Study of, and O. European Association for the Study of, EASL-EASD-EASO Clinical Practice Guidelines for the management of non-alcoholic fatty liver disease. J Hepatol, 2016. 64(6): p. 1388-402.
3. Eslam, M. and J. George, Genetic and epigenetic mechanisms of NASH. Hepatol Int, 2016. 10(3): p. 394-406.
4.https://www.thermofisher.com/vn/en/home/references/gibco-cell-culture-basics/cell-culture-protocols/red-blood-cell-lysis-using-ack-lysing-buffer.html.
5. eBioscience, Flow Cytometry–BestProtocols. 2013.
6. Phred-Quality Base Calling.Retrieved 2011. 02:p. 24.
7. Ledergerber, C. and C. Dessimoz, Base-calling for next-generation sequencing platforms. Briefings in bioinformatics, 2011. 12(5): p. 489-497.