ỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP METAGENOMIC TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT TRÊN MÔ HÌNH CHUỘT BỊ TIÊU CHẢY DO SỬ DỤNG KHÁNG SINH

Tóm tắt

Mục đích: Sử dụng phương pháp metagenomic trong phân tích gen 16s rDNA để đánh giá sự biến động hệ vi khuẩn đường ruột trên mô hình chuột cống trắng bị tiêu chảy do dùng kháng sinh. Đối tượng và phương pháp: Chuột cống trắng được gây tiêu chảy bằng Lincomycine với liều 5g/ kg/24h. Khi kết thúc thí nghiệm, các mẫu manh tràng chuột được thu thập, tách chiết DNA và trình tự vùng V3 -V4 của gen 16S rDNA.  Phần mền Qiime2 được sử dụng để phân tích sự đa dạng của các loài vi khuẩn trong đường ruột của chuột cống trắng dựa trên đơn vị phân loại ASV (Amplicon Sequence Variant). Kết quả: Kháng sinh làm giảm sự đa dạng alpha của hệ vi khuẩn đường ruột. Ở mức độ ngành, ngành Bacteroidota và Proteobacteria tăng và ngành Firmicutes bị giảm ở nhóm sử dụng kháng sinh. Ở mức độ chi, kháng sinh làm giảm mức độ phong phú của chi Lactobacillus, Bacillus, Clostridium innocuum, Romboutsia, Erysipelatoclostridium, Muribaculaceae, Hungatella và UBA1819 và làm tăng mức độ phong phú đối với chi Bacteroides, Pseudomonas, Escherichia-Shigella, Lachnoclostridium , Proteus, Robinsoniella. Kết luận: Sự đa dạng của hệ vi sinh vật đường ruột đã giảm đi khi sử dụng Lincomycine. Kháng sinh làm tăng đáng kể các chi có hại như Bacteroides, Escherichia-Shigella là hai chi nổi bật và đáng quan tâm trong hệ vi khuẩn đường ruột.