XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐOÁN BIẾN THỂ ĐA HÌNH ĐƠN NUCLEOTIT RS1800629 TRÊN VÙNG KHỞI ĐỘNG CỦA GEN TNF- BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ SANGER VÀ PCR-RFLP

Tóm tắt

Giới thiệu: Biến thể đa hình đơn nucleotit rs1800629 tại vị trí -308 trên vùng khởi động gen TNF-α ảnh hưởng trực tiếp đến ái lực liên kết với các yếu tố phiên mã và làm thay đổi sự biểu hiện của gen TNF-α. Ngoài kỹ thuật chuẩn mực để khảo sát là giải trình tự Sanger, kỹ thuật PCR-RFLP được phát triển giúp xác định biến thể bằng các trang thiết bị và hoá chất cơ bản, đem lại hiệu quả với độ tin cậy cao. Việc xác định thông tin về rs1800629 với chi phí tối thiểu là tiền đề thuận lợi cho các nghiên cứu về ảnh hưởng của biến thể này lên nhiều tình trạng sinh, bệnh lý quan trọng. Mục tiêu: Xây dựng bộ công cụ xác định biến thể rs1800629 trên vùng khởi động của gen TNF-α bằng kỹ thuật giải trình tự Sanger và PCR-RFLP. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Xây dựng quy trình giải trình tự Sanger bằng cặp đoạn mồi tự thiết kế để khảo sát đoạn DNA dài 400-500 bp có chứa rs1800629. Tạo các dòng DNA plasmid mang lần lượt biến thể G và biến thể A của rs1800629 bằng phương pháp TA cloning. Tối ưu hoá điều kiện phản ứng PCR-RFLP sử dụng men cắt NcoI và áp dụng khảo sát rs1800629 trên 5 mẫu DNA của người tình nguyện đã biết trước kiểu gen. Kết quả: đã xây dựng thành công quy trình giải trình tự Sanger khảo sát biến thể rs1800629 bằng cặp đoạn mồi tự thiết kế; tạo 2 DNA plasmid mang alen G (wild-type) và alen A (biến thể) của rs1800629 để làm mẫu chứng; tối ưu hóa quy trình PCR-RFLP xác định rs1800629 bao gồm cắt sản phẩm PCR với enzyme NcoI và điều kiện điện di phù hợp. Toàn bộ 5 mẫu DNA của người tình nguyện có các kiểu di truyền GG (3 người), GA (1 người) và AA (1 người) được chẩn đoán đúng bằng phương pháp PCR-RFLP. Kết luận: Bộ công cụ bao gồm quy trình Sanger, quy trình PCR-RFLP và các chứng ở dạng plasmid đã được hoàn thiện để xác định biến thể TNF-α-308G/A (rs1800629) trên vùng khởi động gen TNF-α.